Ο Μιχάλης Κασσωτάκης σπούδασε Φιλολογία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και Επιστήμες της Αγωγής στο Πανεπιστήμιο της Σορβόννης, από το οποίο έλαβε και το διδακτορικό του δίπλωμα. Διετέλεσε Καθηγητής της Παιδαγωγικής στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, Προεδρεύων του Τμήματος Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών και πρώτος εκλεγμένος Κοσμήτορας της Φιλοσοφικής Σχολής του ίδιου Πανεπιστημίου. Το 1990 εκλέχτηκε Καθηγητής της Παιδαγωγικής στο Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής, Ψυχολογίας (Φ.Π.Ψ.) του Πανεπιστημίου Αθηνών, όπου δίδαξε μέχρι τη συνταξιοδότησή του. Το 2013 αναγορεύτηκε Ομότιμος Καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Χρημάτισε, ακόμη, Αντιπρόεδρος και Πρόεδρος του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου, Πρόεδρος του Κέντρου Εκπαιδευτικής Έρευνας, μέλος των Επιτροπών Παιδείας του Συμβουλίου της Ευρώπης και του Ο.Ο.Σ.Α. και συνεργάτης του Εθνικού Ινστιτούτου Παιδαγωγικής Έρευνας της Γαλλίας. Πρωταγωνίστησε στην ίδρυση της Παιδαγωγικής Εταιρείας Ελλάδος και της Ελληνικής Εταιρείας Εκπαιδευτικής Αξιολόγησης, της οποίας είναι Επίτιμος Πρόεδρος. Είναι, επίσης, εταίρος της Ευρωπαϊκής Ακαδημίας Γραμμάτων Τεχνών και Επιστημών και υπήρξε μέλος πολλών άλλων επιστημονικών εταιρειών. Έχει επανειλημμένα τιμηθεί με διάφορες διακρίσεις τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό για το επιστημονικό του έργο και ιδιαίτερα γι’ αυτό που αφορά την Εκπαιδευτική Αξιολόγηση και την Επαγγελματική Συμβουλευτική. Αναγνωρίζοντας την προσφορά του, το Τμήμα Φ.Π.Ψ. του Πανεπιστημίου Αθηνών έδωσε το όνομά του στο Εργαστήριο Επαγγελματικού Προσανατολισμού και Συμβουλευτικής.
Ο Μιχάλης Κασσωτάκης έχει δημοσιεύσει μόνος του ή μαζί με άλλους περισσότερα από 30 βιβλία (περιλαμβάνονται και οι επιμέλειες συλλογικών τόμων) και 150 άρθρα σε ελληνικά και ξένα επιστημονικά περιοδικά, τα οποία αναφέρονται σε θέματα Εκπαιδευτικής Αξιολόγησης, Επαγγελματικής Συμβουλευτικής, μόρφωσης και επιμόρφωσης των εκπαιδευτικών, μάθησης και διδασκαλίας καθώς και σε διάφορες πτυχές του ελληνικού εκπαιδευτικού συστήματος. Εκτός από το συγγραφικό του έργο που εντάσσεται στον τομέα των Επιστημών της Αγωγής, έχει δημοσιεύσει διάφορα βιβλία και μελέτες, γλωσσολογικού, ιστορικού και λαογραφικού περιεχομένου σχετικές με τη γενέτειρά του, το Οροπέδιο Λασιθίου Κρήτης.
